Seit 1995 fördert die BLE, gemeinsam mit ihren Vorgängerorganisationen, im Auftrag des Bundeslandwirtschaftsministeriums zahlreiche nationale und internationale Projekte entlang der gesamten landwirtschaftlichen Wertschöpfungskette. Die Arbeit umfasst die gesamte Wertschöpfungskette in den Bereichen Agrarwirtschaft, Fischerei, Lebensmittelproduktion, Ernährung, gesundheitlicher Verbraucherschutz und die Entwicklung ländlicher Regionen.
Mit dem Fokus auf die Ernährung von Kindern wurde der Bereich der Ernährungsaufklärung ab 2002 stetig aufgebaut und inhaltlich erweitert.
Im Rahmen des Bundesprogramms Ökologischer Landbau wurde das Modellvorhaben „Gesunde Schulverpflegung an Berliner Ganztagsschulen“ finanziell gefördert. Es ging dabei um die Entwicklung einheitlicher Qualitätsstandards und Leistungsanforderungen. Diese Berliner Qualitätskriterien waren die Ausgangsbasis für bundesweite Qualitätsstandards im gesamten Bereich der Außer-Haus-Verpflegung.
Mit dem Modell- und Demonstrationsvorhaben “Besser essen. Mehr bewegen” übernahm die BLE die erste Projektträgerschaft im Bereich Ernährungsaufklärung.
Ziel war es, Übergewicht bei Kindern vorzubeugen und neue effektive Ansätze zur Bekämpfung von Übergewicht zu finden.
Die Gründung der Projektgruppe ging einher mit der Übernahme der Geschäftsstelle für Themen und Vorhaben der Ernährungsaufklärung.
Die BLE unterstützte ab 2007 das Bundesernährungsministerium bei der Entwicklung und Umsetzung des Nationalen Aktionsplans (NAP) zur "Prävention von Fehlernährung, Bewegungsmangel, Übergewicht und damit zusammenhängenden Krankheiten". Dazu gehörte auch die Projektförderung von Vorhaben im Rahmen des NAP.
Der Übertragungserlass bildete den Grundstein dafür, dass die BLE die fachlich-administrative Betreuung von Projekten der Deutschen Gesellschaft für Ernährung (DGE), des aid infodienst, der Plattform Ernährung und Bewegung (peb) und der Bundesarbeitsgemeinschaft der Senioren-Organisationen (BAGSO) übernahm.
Zwischen 2008 und 2010 förderte die Initiative IN FORM eine Informationskampagne zur Verbesserung der Folsäureversorgung von Frauen mit Kinderwunsch.
Die Kampagne hatte zum Ziel, das Bewusstsein für die Relevanz einer adäquaten Folsäureversorgung bereits vor dem Eintritt einer geplanten Schwangerschaft zu schärfen und die Diskrepanz zwischen vorhandenem Wissen und dessen praktischer Anwendung zu reduzieren.