Die Fischereischutzboote werden weltweit eingesetzt. Ihre Hauptaufgabe ist die Überwachung der Fischerei in Nord- und Ostsee sowie im Nordatlantik. Darüber hinaus leisten sie technische und humanitäre Hilfe auf See und nehmen an maritimen Übungen teil.
Das Thünen-Institut setzt die Fischereiforschungsschiffe unterschiedlicher Bauart und Größe in Nord- und Ostsee sowie im Atlantik ein, um Fischbestände zu untersuchen und Fangtechniken weiterzuentwickeln. Das größte und dienstälteste Forschungsschiff, die WALTHER HERWIG, wird in Kürze durch einen Neubau ersetzt. Mit ihrer Kiellegung im Dezember 2024 hat der Bau eines der modernsten und leistungsfähigsten Fischerei- und Meeresforschungsschiffe der Welt begonnen.