Die BLE setzt Sonder- und Krisenmaßnahmen um, für die EU-Mittel – unter anderem aus der Agrarreserve zur Unterstützung der Landwirtschaft – bereitgestellt werden. Die BLE ist für die EU-konforme Auszahlung der Mittel an die Landwirte zuständig und prüft die Einhaltung der Beihilfevoraussetzungen durch ein maßnahmenspezifisches Verwaltungs- und Kontrollsystem. 

Im Jahr 2022 wurden EU-Mittel zur Linderung der Folgen des russischen Angriffskrieges auf die Ukraine bereitgestellt. Aufgrund der sehr kurzen Auszahlungsfristen erfolgte die Auszahlung der Beihilfe über die Sozialversicherung für Landwirtschaft, Forsten und Gartenbau (SVLFG) in einem antragslosen Massenverfahren. Die Kleinbeihilfe-Agrar wurde analog zur ersten Anpassungsbeihilfe in einem Antragsverfahren auf Grundlage der Daten der SVLFG über die BLE durchgeführt. Die Verfahrensweise zur zweiten Anpassungsbeihilfe, mit der die Sektoren Obstbau und Hopfen gefördert wurden, erfolgte analog zur ersten Anpassungsbeihilfe, jedoch ohne zusätzliches Antragsverfahren. 

Mit der Brexit-Anpassungsreserve (Antragsverfahren) wurde ein Teil der durch den Brexit entstandenen Mehrkosten im Bereich der dem BMLEH nachgeordneten Bundesbehörden und -ämter aufgefangen.