Die Standorte sind strategisch ausgewählt, um den unterschiedlichen Anforderungen der Land- und Ernährungswirtschaft gerecht zu werden.
Der Hauptsitz der BLE befindet sich in Bonn und bildet das Zentrum der Arbeitsbereiche. Wichtige Förder- und Forschungsprojekte im Bereich Landwirtschaft und Ernährung werden in Bonn bearbeitet. Hier kümmern sich auch die Zentralabteilung um Personalangelegenheiten und den Verwaltungshaushalt sowie die Dienstleistungsabteilungen um IT und Finanzen. Weitere Arbeitsbereiche am Standort Bonn umfassen ländliche Räume, entwaldungsfreie Produkte, den Umbau der Tierhaltung, sowie Agrarmarkt- und Außenhandelsregelungen. Die Kommunikationsabteilung verbreitet relevante Informationen sowohl intern als auch extern.
Die BLE ist die einzige Behörde im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Landwirtschaft, Ernährung und Heimat (BMLEH) mit einem Außendienst. Sie unterhält Außenstellen in Hamburg, Weimar und München, die eine zentrale Rolle im Prüfdienst der Behörde spielen. Der Außendienst prüft national und international Produkte wie Obst, Gemüse, Hanf, Hopfen, Holz, Getreide, Biomasse und tierische Erzeugnisse vor dem Marktzugang. So trägt der Prüfdienst zur sicheren Versorgung mit landwirtschaftlichen Produkten bei.
Die Mitarbeitenden in den Außenstellen kontrollieren auch die Einhaltung von EU-Vermarktungsnormen für Obst und Gemüse an Flughäfen und Märkten.
Weitere Büros befinden sich in Wilhelmshaven und Bremerhaven sowie Lager in Cuxhaven und Rostock.
Im Auftrag des BMLEH betreibt die BLE drei Fischereischutzboote und drei Fischereiforschungsschiffe. Diese Schiffe überwachen die Fischerei in Nord- und Ostsee sowie im Nordatlantik und leisten technische und Hilfe auf See. Die BLE ist Mitglied im Maritimen Sicherheitszentrum in Cuxhaven. Dieses koordiniert die verschiedenen Bundesbehörden auf See und sorgt für einen effektiven Ressourceneinsatz. Die BLE setzt die Gemeinsame Fischmarktordnung und die Gemeinsame Fischereipolitik der EU um. In Rostock und Cuxhaven bewirtschaftet sie nationale Fangquoten und erstellt ein Verzeichnis der Handelsbezeichnungen der Fischarten und unterhält dort auch Lager die zur Schifffahrt gehören.
Das Bundeszentrum Weidetiere und Wolf (BZWW) in Eberswalde fördert die Konfliktminimierung im Umgang mit Weidetieren und Wölfen. Eine Hauptaufgabe des BZWW ist die Bündelung von Informationen, um Weidetierhaltern einen umfassenden Überblick über relevante Fachinformationen zu bieten. Zudem fördert das BZWW den konstruktiven Austausch mit allen Akteuren, treibt nachhaltige Vernetzungsarbeit voran und setzt sich für einen respektvollen Umgang ein.
In Berlin übernimmt das Konferenz- und Tagungsmanagement (KTM) wichtige Serviceleistungen für das BMLEH und die BLE. Das KTM plant, organisiert und betreut Konferenzen, die vom BMLEH oder der BLE veranstaltet werden. Diese Konferenzen finden teilweise in Zusammenarbeit mit anderen Behörden des Geschäftsbereichs oder ressortübergreifend statt.
Ebenfalls in Belin ist Bundeszentrum Kita- und Schulverpflegung tätig. Es verfolgt mit seiner Arbeit das Ziel, dass Kinder und Jugendliche in allen Kitas und Schulen in Deutschland gut und gerne essen.